De endosymbiose-theorie zegt dat door samensmelting van simpele prokaryoten (bacteriën) de complexe eukaryote cellen zijn ontstaan. Oftewel, bacteriën met verschillende functies zijn samengeklonterd en hier zijn de cellen met verschillende celonderdelen van complexe organismen uit ontstaan. Bewijs van deze theorie komt van onderzoek waarbij DNA uit mitochondriën wordt vergeleken met dat van heel oude bacteriën. Hierbij komen veel overeenkomsten naar voren, wat laat zien dat het DNA waarschijnlijk eenzelfde oorsprong heeft.